Big Boss nunca fue malo realmente, en MGS4 lo explica con todo lujo de detalles, después de MGS3 y MGS: Portable Ops que las protagonizadas Big Boss, su entonces el que fue en MGS3 su comandante Zero pudo conseguir la totalidad del el legado de los fisolosfos y fundo con la ayuda Big Boss, los Patriots para hacer realidad el sueño de The Boss, pero Big Boss pronto se empezó a distanciar de las ideas de Zero , despues de de que Zero vio que Big Boss se distanciaba de los ideales de este, ordeno crear un clon de su amigo "Big Boss", cuando este se entero dejo la organizacion, y creo un movimiento "Outer Heaven" y se hizo con el control de "Zanzibar Land", para poder acabar con los patriots y su líder Zero, pero su hijo Solid por orden de los patriots, aunque el no lo sabia, derroto a big boss, pero los patriots recuperaron su cuerpo y lo mantuvieron en coma permanente ya que Big Boss era un símbolo irreemplazable, este solo quería liberar de la tiranía de Zero y su control total del pensamiento, en lineas generales es esto
, todo esto lo explican en MGS4 y hasta aqui puedo eleer