La pasta térmica es conductora, la función del disipador es como su nombre indica disipar el calor del chip, entonces cuanto mas superficie de contacto tenga con el chip, mejor disipara el calor.
Los chip, si te has dado cuenta, llevan unas letras encima donde pone el nombre "CELL B.E." y "RSX" a parte de "Sony computer, etc." la pasta térmica se encarga de rellenar esos huecos que crean las letras y las posibles imperfecciones del metal. Lo mejor sería un contacto directo pero para eso tendríamos que tener una superficie totalmente lisa y pulida. pero como no es asi se aplica la pasta para lo que te he comentado antes, a pesar de ser conductora, no deja de ser un material menos conductor que el metal, por lo que una fina capa, conduce sin problema el calor, pero una capa demasiado gruesa puede hacer el efecto contrario.
Esta teoría la aprendí con los PC´s, y llevo muchísimos PC´s montados y en PS3 es lo mismo.
Edito para añadir información: Para conseguir la capa fina con la pasta, echa un pequeño pegote en el centro y lo esparces a lo largo del chip ayudándote con una tarjeta, evita que se derrame por los bordes y elimina la pasta sobrante.
Yo recomiendo la pasta "Artic Silver 5" es la que tengo yo puesta en mi PS3 y nunca pasa del 2º nivel de velocidad en el ventilador jugando a pleno rendimiento.