Desmond Miles, una persona como cualquier otra, se despierta tumbado en una mesa de un laboratorio. Dos científicos, Warren Vidic y Lucy Stillman, le están haciendo pruebas. Estos dos le rebelan que han descubierto una forma de ver el pasado, mediante los recuerdos, ya que en nuestro subconsciente guardamos los recuerdos de nuestros antepasados. Por esa razón Desmond Milles esta ahí, para que la organización por la que trabajan Warren y Lucy pueda averiguar más cosas sobre la antigua organización de los Hashashin para, según Warren, dar respuestas a las preguntas que la humanidad se ha formulado durante toda su existencia, tales como cual es el sentido de la existencia o que debemos hacer en la vida.
Desmond es introducido en una máquina llamada Animus, que le permite abrir sus recuerdos genéticos, pero como él es una persona muy reservaba le cuesta mucho acceder al recuerdo en concreto que quieren Lucy y Warren, así que empiezan con él desde el primer recuerdo al que pueden acceder.
El Animus le traslada a Tierra Santa en Israel, el año 1191, durante la Tercera Cruzada cristiana.
En el recuerdo aparece Altaïr, un joven que a primera vista parece arabe (aunque no se desvela si lo es), que trabaja para una organización de asesinos, esta con otros dos miembros de su grupo. Están infiltrados en unas antiguas ruinas en busca de un valioso objeto que su maestro les a encomendado buscar para traérselo. Altaïr a asesinado a un civil durante la entrada al lugar, y discuten por eso, ya que va en contra de las normas asesinar inocentes, pero como él es el que tiene mas rango de los tres decide hacer caso omiso a lo ocurrido y avanzar. Más adelante se encuentran con Roberto de Sable, líder de los templarios y un gran enemigo de los Hashashin. Altaïr decide quebrantar otra ley, la de discreción, y lanzarse sobre Roberto, cosa que provoca que éste les pare los pies, matando a sus dos compañeros y haciendo que no consiga el objetivo principal de la misión, el objeto por el qual estaban ahí.
Altaïr ha de volver a con su maestro, e informar de sus fracasos, pero al llegar ahí no contaba con que uno de sus compañeros había sobrevivido, había conseguido el objeto y le delata al maestro que ha asesinado a un inocente y provocado la ira de Roberto de Sable. El cual interrumpe su discusión con un asedio al castillo en el que viven, Roberto de Sable les a declarado la guerra por culpa de Altaïr.
Altaïr se escabulle por el castillo hasta llegar a una torre detrás del ejercito de los templarios, desde donde deja caer unos troncos que acaban con el ejercito de Roberto.
Gracias a esto calma la ira de su maestro, el cual simula asesinarlo delante de sus compañeros, por sus agresiones a los Hashashin. El maestro lo degrada de rango, le vuelve a iniciar en el arte del asesinato desde el rango mas bajo, obligándole a hacer misiones para recuperar su rango. Sus misiones le llevan a Damasco, Jerusalén y Acre, ciudades donde deberá recopilar información para detectar detectar los movimientos, estrategias, intenciones y cualidades de sus objetivos.
Avanzando en la historia de Altaïr, que incluye intriga, traiciones, secretos y sangre, llevaras los recuerdos de Desmond a donde quieren llegar Lucy y Warren, para según ellos, ayudar a la humanidad...
