A medida que avanzas en el modo historia del juego se van desbloqueando los desafíos.
Si te fijas, cuando juegas a alguno de los desafíos, los escenarios serán los mismos por los que has pasado durante tu partida en el modo principal de Batman A.A. y acostumbran a ser entornos en los que hay un gran número de enemigos a abatir.